厦门大学经济学院渊源于1921年建校初期的商学部，经过90多个春秋的锤炼与洗礼，经济学科已经成为厦门大学最重要的优势学科和支柱学科之一。早在上世纪40年代，著名经济学家、教育家和杰出的社会活动家、担任厦门大学校长长达19年的王亚南教授就在厦大开创了“中国经济学”，为中国的经济学建设做出了具有里程碑意义的贡献，为本学科奠定了深厚的根基。

1981年9月15日经教育部批准，原厦门大学经济系升格为厦门大学经济学院，1982年5月24日举行成立大会，这是中国大陆重点综合性大学建立的第一所经济学院。2005年6月，以教育部人文社科重点基地为基础、依托于“985工程”二期项目的建设，厦门大学成立了王亚南经济研究院，为本学科的创新拓展增添了闪亮的增长点，有力地推进本学科走向世界。2016年12月，成立厦门大学邹至庄经济研究中心，是厦门大学经济学科发展史上又一个重要的里程碑，将大大推进厦门大学经济学教育与研究的国际化和现代化。