2016年2月，南京理工大学获得首批“网络空间安全”一级学科博士点授予权，同年网络空间安全专业正式开始招收硕士研究生、博士研究生，并获批成为“江苏省十三五重点学科”建设学科。2018年，网络空间安全专业正式开始招收本科生。2019年，南京理工大学网络空间安全学院成立。

网络空间安全学院位于美丽的江阴校区，将坚决贯彻开放式、国际化、高水平办学。学院现设网络空间安全、数据科学与大数据技术等专业，所设专业均属计算机科学与技术、网络空间安全、软件工程、数学、统计学等学科的交叉性专业。专业建设依托国家重点学科“模式识别与智能系统”、一级学科博士点“计算机科学与技术”、“网络空间安全”和“数学”，以“宽专业、厚基础、重能力、高素质”为培养原则，注重培养基础扎实、知识面宽、能力强、素质高、具有创新精神，能够在相关领域与行业从事科学研究、科技研发、工程设计、技术应用以及技术管理等工作，能够解决领域复杂科技与工程问题的复合型高层次专门人才。