南方医科大学药学院是原第一军医大学转制移交广东省后，于2005年6月成立。2010年1月始，学院全面试行学术负责人制（PI制），2014年9月，成为南方医科大学首批两个“试点学院”之一。

学院秉承“创新引领发展，特色成就卓越”的理念，以特色内涵建设、教学模式改革、多元协同创新发展以及体制机制创新“四位一体”的改革目标为使命，更新理念，整合资源，汇聚人才，为跻身中国高校最优秀的药学院行列而奋斗。目前，学院设有8个创新群体，1个本科教学工作部，4个本科学系、9个教学团队、3个支撑中心。拥有药学一级学科博士后科研流动站，药学一级学科博士、硕士学位授权点，药学硕士专业学位授权点以及药学（四年制）和临床药学（五年制）两个本科专业。药学专业为国家首批一流本科专业建设点，广东省名牌特色专业。学院建有广东省高等学校药学化学实验教学示范中心、广东省药学化学虚拟仿真实验教学示范中心。2017年教育部第四轮学科评估中，药学学科在参评的105所高校中排名第21位；2019年10月，以新标准首家通过药学专业认证。2019年11月学院药理毒理学科进入ESI排名全球前0.37%。学院现有广东省新药筛选重点实验室、广东省新药筛选国际联合实验室、广东省国际科技合作基地、广东省特殊膳食用食品研究生物医学创新平台、广东省保健食品新功能和安全性评价工程技术研究中心、广州市新发病毒防治药物研究重点实验室、药学实验中心和仿制药一致性评价中心等重点科研平台。

药学院师资队伍实力雄厚，朝气蓬勃，结构合理。现有正式在编人员102人，专任教师82人，以中青年教师为主体。其中：正高31人，副高37人，中级14人，博士生导师23人，硕士生导师30人，具有博士学位教师占专任教师总数90.12%，具有留学背景的教师占比53.09%。拥有国家杰出青年科学基金获得者1人，科技部“中青年科技创新”领军人才1人，“百千万人才工程”国家级人选2人，中组部优秀青年人才2人，教育部“新世纪优秀人才”1人，享受政府特殊津贴者1人，“中国政府友谊奖”获得者1人，广东省医学领军人才1人，广东省“珠江学者”特聘教授1人，广东省“珠江学者”讲座教授2人，广东省“青年珠江学者”3人，南粤优秀教师3人，广东省特支计划“百千万工程”领军人才2人，广东省特支计划“百千万工程”青年拔尖人才2人，广东省“千百十工程”国家级培养对2人，广东省“千百十工程”省级培养对象2人，广东省“优秀青年教师培养计划”7人，广东省“珠江人才计划”青年拔尖人才2人，广州市“珠江科技新星”12人，学校教学名师5人，学校本科教学优秀教师2人，学校优秀教师10人。有多名教师在国内外学术团体任职，包括中国药理学会抗炎免疫药理专业委员会主任委员、广东省药理学侯任理事长、教育部药学专业教学指导委员会委员等。

近十年来，学院先后承担了国家“973”计划项目、国家自然科学基金重点项目、国家新药创制重大科技专项、国家艾滋病重大科技专项、粤港关键领域重点突破招标项目、教育部重大项目培育基金等国家、教育部、省市级课题400余项，研究经费达2.3亿元。在Lancet,NatRevMicrobiol,Blood,ChemSci,Biomaterials,ChemComm,MolPharmaceut,MolPharmacol,JBiolChem等国际著名期刊上发表了SCI论文700余篇，申请和获得了国家发明专利、国际PCT专利200余项，其中授权近100项。获广东省科技进步二等奖1项，三等奖1项，参与获得国家科技进步二等奖1项，教育部科学研究优秀成果奖一等奖1项，广东省科学技术一等奖1项，中华中医药学会科技一等奖1项。获广东省教学成果二等奖1项，国际教育改革项目3项，各级教学研究项目129项，获教学成果奖13项。